SPRI-Kügelchen (Solid-Phase Reversible Immobilization) werden häufig für den Hochdurchsatz-Sequenzierungsbibliotheksaufbau zur Reinigung und Gewinnung von Nukleinsäuren verwendet. A neue Studie veröffentlicht in Zoonosen hat die Auswirkungen des SPRI-Kügelchenverhältnisses, der Inkubationszeit und der Elutionszeit auf die Nukleinsäuregewinnung während der Konstruktion einer 16S-rDNA-Hochdurchsatz-Sequenzierungsbibliothek voller Länge untersucht.
Die Auswirkungen verschiedener SPRI-Kügelchenverhältnisse, Inkubationszeiten und Elutionszeiten wurden für drei verschiedene anfängliche Probenmengen verglichen. Um die optimale Kombination dieser Faktoren zu bestimmen, wurde ein orthogonales L9(33)-Experiment entwickelt.
Die Inkubationszeit von drei Faktoren, einschließlich SPRI-Perlenverhältnis, Inkubationszeit und Elutionszeit, hatte einen statistisch signifikanten Einfluss auf die Wiederfindungsrate für die anfängliche Probenmenge von 1.500 ng und 3.000 ng. Die Ergebnisse des orthogonalen Experiments zeigten, dass die Inkubationszeit von den drei Faktoren den größten Einfluss hatte.
Die Inkubationszeit hat einen erheblichen Einfluss auf die Wiederherstellungsrate beim Aufbau einer 16S-rDNA-Hochdurchsatz-Sequenzierungsbibliothek voller Länge. Die Verwendung von 0,8× SPRI-Kügelchen, 15 Minuten Inkubation und 10 Minuten Elution führten zur höchsten Wiederfindungsrate. SPRI-Perlen bieten eine praktikable Methode zur Gewinnung von 16S-rDNA-Amplifikaten voller Länge.
Mehr Informationen:
Yinmei Li et al., Optimierung der Verwendung von reversiblen Festphasen-Immobilisierungsperlen für den Hochdurchsatz-Aufbau einer 16S-rDNA-Sequenzierungsbibliothek in voller Länge, Zoonosen (2023). DOI: 10.15212/ZOONOSES-2023-0007
Bereitgestellt von Compuscript Ltd