Für den schnellen Nachweis von Mikroben bei Krebspatienten wurde ein neues Verfahren entwickelt. Es wurde von einem kooperierenden Forschungsteam unter der Leitung von Prof. Gu Hongcang vom Hefei Institute of Physical Science (HFIPS) der Chinesischen Akademie der Wissenschaften (CAS) entwickelt.
Die Methode, die auf Nanoporen-basierter Technologie basiert, wurde in einem Artikel in berichtet Grenzen in der Zell- und Infektionsmikrobiologie.
Krebspatienten mit geschwächtem Immunsystem sind anfällig für verschiedene mikrobielle Infektionen und haben eine höhere Sterblichkeitsrate als Patienten mit anderen Infektionen. Daher ist die frühzeitige Identifizierung von Mikroorganismen für die Durchführung einer antiinfektiösen Therapie bei Patienten unerlässlich.
In dieser Studie sammelten die Forscher Proben von 56 immungeschwächten Krebspatienten mit verdächtigen Infektionen. Die Proben enthielten Blut und Sputum.
Sie isolierten Mikroben und erzeugten Amplikon-basierte Sequenzierungsbibliotheken und sequenzierten die Bibliotheken mit dem Oxford Nanopore MinION, einem tragbaren 90-g-Sequenzer. Die Nanoporensequenzierung zeigte eine deutlich höhere Sensitivität als die herkömmliche Kulturmethode. Dieser Vorteil bestand sowohl bei Blutproben als auch bei Nicht-Blutproben.
Im Vergleich zu herkömmlichen Methoden zeigte die Nanopore-Amplikon-Sequenzierungsmethode mehr Proben mit bakteriellen Infektionen, Infektionen durch anspruchsvolle Pathogene und Co-Infektionen. Die durchschnittliche Bearbeitungszeit betrug etwa 17,5 Stunden, viel kürzer als beim herkömmlichen Kulturassay.
„Diese Methode ist schnell und genau“, sagte Gu Hongcang, Erstautor der Studie, „sie kann Krankheitserreger bei immungeschwächten Krebspatienten mit Verdacht auf Infektionen nachweisen.“
Diese neuartige und hochempfindliche Methode würde die Prognose von Krebspatienten mit schwacher Immunfunktion verbessern, indem sie die schnelle Diagnose von Infektionen und die Umsetzung rechtzeitiger und genauer antiinfektiöser Behandlungen erleichtert.
Mehr Informationen:
Qingmei Deng et al, Nanopore-basierte metagenomische Sequenzierung zum schnellen und präzisen Nachweis von Krankheitserregern bei immungeschwächten Krebspatienten mit Verdacht auf Infektionen, Grenzen in der Zell- und Infektionsmikrobiologie (2022). DOI: 10.3389/fcimb.2022.943859