Forscher der University of California, Irvine, haben einen COVID-19-Test entwickelt, der spezifische SARS-CoV-2-Varianten mit 100-prozentiger Genauigkeit erkennt und identifiziert. In einer Studie bestimmte der RNA-codierte virale Nukleinsäure-Analysereporter korrekt die genetischen Mutationen Alpha, Gamma, Delta, Epsilon und Omicron in nasopharyngealen klinischen Proben. Diese Fähigkeit könnte es Gesundheitsdienstleistern ermöglichen, personalisierte Behandlungsentscheidungen für eine verbesserte Patientenversorgung zu treffen.
Kürzlich online erschienen in der Zeitschrift der American Chemical Societybeschreibt ein Papier über die Forschung das Design und die Validierung des Revealr SARS-CoV-2-Genotypisierungssystems.
„Die COVID-19-Pandemie hat einen dringenden Bedarf an individualisierten Diagnoseinstrumenten geschaffen, die das Vorhandensein des Virus sowie den jeweiligen Stamm erkennen können. Die Identifizierung und Triage von Patienten, die mit Varianten infiziert sind, die die Virusübertragbarkeit erhöhen und den Impfschutz verringern, ist entscheidend für die Kontrolle der Ausbreitung der Krankheit“, sagte der korrespondierende Autor John Chaput, UCI-Professor für pharmazeutische Wissenschaften. „Revealr geht über einfache COVID-Nachweismethoden wie das häufig verwendete Antigen-Kit hinaus, um den genauen SARS-CoV-2-Stamm zu identifizieren, der einen Patienten infiziert.“
Das Team analysierte 34 klinische Proben, die Anfang, Mitte und Ende 2021 im UCI Medical Center von Patienten mit COVID-19-Symptomen entnommen wurden. Aus den Nasen-Rachen-Abstrichen wurde die RNA isoliert und in jedem Fall die richtige SARS-CoV-2-Variante identifiziert.
„Obwohl Revealr als COVID-Erkennungsassay entwickelt wurde, besteht der nächste Schritt darin, es auf andere Atemwegsinfektionen auszudehnen, die Symptome mit COVID-19 teilen, wie z. B. Influenza“, sagte Chaput. „Die Fähigkeit, Einzelpunktmutationen in einer genetischen DNA- oder RNA-Sequenz zu unterscheiden, macht es ideal für jede Genotypisierung, einschließlich Krebs. Über die menschliche Gesundheit hinaus könnte Revealr in forensischen oder landwirtschaftlichen Anwendungen eingesetzt werden, die derzeit auf DNA-Sequenzierung angewiesen sind.“
Das Studienteam umfasste Chaput-Labormitglied Kefan Yang, einen Doktoranden in Chemie- und Biomolekulartechnik; Chaput-Labormitglied Daniel Schuder, ein Doktorand in Molekularbiologie und Biochemie; und Arlene Ngor, die das Chaput-Labor leitet.
Die Forscher haben eine Patentanmeldung zur Revealr-Genotypisierung eingereicht.
Kefan Yang et al, REVEALR-Based Genotyping of SARS-CoV-2 Variants of Concern in Clinical Samples, Zeitschrift der American Chemical Society (2022). DOI: 10.1021/jacs.2c03420