Nanoporen-Technologie erzielt Durchbruch bei der Erkennung von Proteinvarianten

Einem Wissenschaftlerteam unter der Leitung der Universität Oxford ist ein bedeutender Durchbruch bei der Erkennung von Modifikationen an Proteinstrukturen gelungen. Die Methode, veröffentlicht in Natur-Nanotechnologienutzt innovative Nanoporentechnologie, um strukturelle Variationen auf Einzelmolekülebene zu identifizieren, sogar tief in langen Proteinketten.

Menschliche Zellen enthalten etwa 20.000 proteinkodierende Gene. Die tatsächliche Zahl der in Zellen beobachteten Proteine ​​ist jedoch weitaus größer: Es sind über 1.000.000 verschiedene Strukturen bekannt. Diese Varianten werden durch einen Prozess erzeugt, der als posttranslationale Modifikation (PTM) bekannt ist und nach der Transkription eines Proteins aus der DNA erfolgt.

PTM führt strukturelle Veränderungen ein, beispielsweise das Hinzufügen chemischer Gruppen oder Kohlenhydratketten zu den einzelnen Aminosäuren, aus denen Proteine ​​bestehen. Dadurch ergeben sich Hunderte möglicher Variationen für die gleiche Proteinkette.

Diese Varianten spielen eine zentrale Rolle in der Biologie, indem sie die präzise Regulierung komplexer biologischer Prozesse in einzelnen Zellen ermöglichen. Die Kartierung dieser Variation würde eine Fülle wertvoller Informationen ans Licht bringen, die unser Verständnis der Zellfunktionen revolutionieren könnten. Doch bis heute ist die Fähigkeit zur Erstellung umfassender Proteinvorräte ein schwer erreichbares Ziel geblieben.

Um dieses Problem zu lösen, hat ein Team unter der Leitung von Forschern des Fachbereichs Chemie der Universität Oxford erfolgreich eine Methode zur Proteinanalyse entwickelt, die auf der Nanoporen-DNA/RNA-Sequenzierungstechnologie basiert. Bei diesem Ansatz fängt ein gerichteter Wasserfluss 3D-Proteine ​​ein und entfaltet sie in lineare Ketten, die durch winzige Poren geführt werden, die gerade breit genug sind, damit ein einzelnes Aminosäuremolekül hindurchpasst.

Strukturelle Variationen werden durch die Messung von Änderungen in einem durch die Nanopore angelegten elektrischen Strom identifiziert. Verschiedene Moleküle verursachen unterschiedliche Störungen im Strom und verleihen ihnen eine einzigartige Signatur.

Das Team demonstrierte erfolgreich die Wirksamkeit der Methode beim Nachweis von drei verschiedenen PTM-Modifikationen (Phosphorylierung, Glutathionylierung und Glykosylierung) auf Einzelmolekülebene für Proteinketten mit einer Länge von mehr als 1.200 Resten. Dazu gehörten Modifikationen tief in der Proteinsequenz. Wichtig ist, dass die Methode keine Verwendung von Markierungen, Enzymen oder zusätzlichen Reagenzien erfordert.

Nach Angaben des Forschungsteams könnte die neue Proteincharakterisierungsmethode problemlos in bestehende tragbare Nanoporen-Sequenzierungsgeräte integriert werden, um Forschern den schnellen Aufbau von Proteinbeständen einzelner Zellen und Gewebe zu ermöglichen. Dies könnte die Point-of-Care-Diagnostik erleichtern und den personalisierten Nachweis spezifischer Proteinvarianten ermöglichen, die mit Krankheiten wie Krebs und neurodegenerativen Erkrankungen in Zusammenhang stehen.

Professor Yujia Qing (Department of Chemistry, University of Oxford), Mitautor der Studie, sagte: „Diese einfache, aber leistungsstarke Methode eröffnet zahlreiche Möglichkeiten. Zunächst ermöglicht sie die Untersuchung einzelner Proteine, beispielsweise solcher, die an bestimmten Krankheiten beteiligt sind.“ . Längerfristig birgt die Methode das Potenzial, erweiterte Bestände an Proteinvarianten in Zellen zu erstellen und so tiefere Einblicke in zelluläre Prozesse und Krankheitsmechanismen zu ermöglichen.“

Professor Hagan Bayley (Department of Chemistry, University of Oxford), Mitautor und Mitbegründer von Oxford Nanopore Technologies, fügte hinzu: „Die Fähigkeit, posttranslationale Modifikationen und andere Proteinvariationen auf Einzelmolekülebene zu lokalisieren und zu identifizieren, ist äußerst vielversprechend.“ um unser Verständnis zellulärer Funktionen und molekularer Wechselwirkungen zu verbessern. Es könnte auch neue Wege für personalisierte Medizin, Diagnostik und therapeutische Interventionen eröffnen.“

Diese Arbeit wurde in Zusammenarbeit mit der Forschungsgruppe des Mechanobiologen Sergi Garcia-Maynes am King’s College London und dem Francis Crick Institute durchgeführt.