Forscher der University of Waterloo haben 191 bisher nicht identifizierte Astroviren mithilfe eines neuen, auf maschinellem Lernen basierenden Klassifizierungsverfahrens erfolgreich klassifiziert.
Die Studie „Nutzung maschinellen Lernens zur taxonomischen Klassifizierung neu auftretender Astroviren“ wurde kürzlich veröffentlicht veröffentlicht In Grenzen der molekularen Biowissenschaften.
Astroviren gehören zu den schädlichsten und am weitesten verbreiteten Viren der Welt. Diese Viren verursachen schwere Durchfälle, an denen jährlich mehr als 440.000 Kinder unter 5 Jahren sterben. In der Geflügelindustrie haben Astroviren wie die Vogelgrippe eine Infektionsrate von 80 % und eine Sterblichkeitsrate von 50 % bei Nutztieren, was zu wirtschaftlichen Verwüstungen, Unterbrechungen der Lieferkette und Nahrungsmittelknappheit führt.
Astroviren mutieren schnell und können sich leicht auf ihre mehr als 160 Wirtsarten ausbreiten, was Forscher und Beamte des öffentlichen Gesundheitswesens in einen ständigen Wettlauf versetzt, neue Astroviren zu klassifizieren und zu verstehen, sobald sie auftauchen. Im Jahr 2023 gab es 322 nicht identifizierte Astroviren mit unterschiedlichen Genomen. In diesem Jahr ist diese Zahl auf 479 gestiegen.
„Zu jedem Zeitpunkt tragen zwischen 2 % und 9 % der Menschen eines dieser Viren. In einigen Ländern kann diese Zahl bis zu 30 % betragen“, sagte Fatemeh Alipour, Ph.D. Kandidat für Informatik an der Waterloo University und leitender Informatikautor der Forschungsstudie. „Das Verständnis und die effektive Klassifizierung dieser Viren ist für die Entwicklung von Impfstoffen von entscheidender Bedeutung.“
Zum Astrovirus-Forschungsteam gehörten Informatikforscher von Waterloo und Biologieforscher von der University of Western Ontario.
Die neue dreiteilige Klassifizierungsmethode umfasst überwachtes maschinelles Lernen, unüberwachtes maschinelles Lernen und die manuelle Kennzeichnung des Wirts jedes Astrovirus.
„Die Hauptidee hinter der Klassifizierungsmethode besteht darin, maschinelles Lernen zu nutzen, um Arten zu klassifizieren, indem man aus ihren ‚genomischen Signaturen‘ lernt“, sagte Lila Kari, Professorin an der David R. Cheriton School of Computer Science. „Die Klassifizierungsmethode ist sowohl in ihrer Geschwindigkeit als auch in ihrer allgemeinen Anwendbarkeit spannend.“
„Diese Methode kann uns helfen zu verstehen, wie Viren zwischen verschiedenen Tieren übertragen werden. Sie kann auch verwendet werden, um Viren in andere Virusfamilien wie HIV und Dengue zu klassifizieren.“
Mehr Informationen:
Fatemeh Alipour et al, Nutzung maschinellen Lernens zur taxonomischen Klassifizierung neu auftretender Astroviren, Grenzen der molekularen Biowissenschaften (2024). DOI: 10.3389/fmolb.2023.1305506