Van der Sloot stand vor Gericht, weil er große Mengen Kokain ins Juliaca-Gefängnis schmuggeln ließ. Die Drogen wurden meist in Zuckerrüben versteckt und durch einen Angehörigen eines Mithäftlings ins Gefängnis gebracht.
Dem Gericht zufolge spielte der Niederländer eine wichtige Rolle bei dem Schmuggel. Van der Sloot verkaufte die Drogen nicht nur an Mitgefangene, sondern versteckte das Kokain auch in Postpaketen, die er an Adressen im Ausland verschickte. Zum Beispiel hatte er einen profitablen Drogenhandel, bis Wachen den Schmuggel entdeckten.
Van der Sloot wird wegen Mordes an Flores inhaftiert. 2012 wurde er in Peru zu 28 Jahren Gefängnis verurteilt. Er wird auch verdächtigt, am Verschwinden der Amerikanerin Natalee Holloway im Jahr 2005 beteiligt gewesen zu sein. Nach ihrem Treffen wurde nie wieder etwas von Holloway gehört.