Medizinische und biowissenschaftliche Forscher werden vom bisher umfassendsten Atlas genetischer Daten über Zebrafische profitieren, wie neu veröffentlichte Forschungsergebnisse nahelegen.
Der Atlas wird Forschern dabei helfen, Erkrankungen verschiedener Krebsarten (z. B. Hautkrebs), Herzkrankheiten und Neurodegeneration besser zu untersuchen. Es könnte mehr Forschern helfen, Säugetiermodelle in ihren Studien zu ersetzen.
Das DANIO-CODE-Konsortium, ein landesweites Team von 27 Labors, arbeitete zusammen, um veröffentlichte Open-Access-Datensätze zu katalogisieren, die mit neu produzierten Daten kompensiert wurden. Die Bemühungen führten zu 140.000 DNA-Regionen, die an der Regulierung der Genexpression im Zebrafisch beteiligt sind.
Die Studie zum Zebrafisch, dem am zweithäufigsten verwendeten Tiermodell für die medizinische und biowissenschaftliche Forschung, stützt sich auf 1.802 Proben mit jeweils Millionen von Datenpunkten und liefert das umfassendste Bild von DNA-Kandidatenregionen für die transgene Züchtung und die genetische Erforschung von Entwicklung und Krankheiten.
Erscheinen in Naturgenetik Heute beschreibt das Papier DNA-Elemente, die an mehreren embryonalen Entwicklungsstadien beteiligt sind, und Verbesserungen zum Verständnis der genetischen Äquivalenz zwischen Zebrafisch und Maus.
Ferenc Mueller, Professor für Entwicklungsgenetik an der Universität Birmingham, der das Konsortium dieser Studie leitete, sagte:
„Die Katalogisierung genetischer Informationen für Zebrafische ist ein bedeutender Durchbruch, der einige der aufregendsten medizinischen und biowissenschaftlichen Entwicklungen der kommenden Jahre untermauern könnte.
„Professor Boris Lenhard vom Imperial College London und Professor Carsten Daub vom Karolinska Institutet waren maßgeblich an der Koordinierung von über 50 Forschern weltweit beteiligt. Der resultierende Atlas/die Karte ist ein Beweis dafür, wie eine Bottom-up-Initiative zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit Wirkung zum Nutzen erzielen kann Der vom DANIO-CODE-Konsortium erstellte Katalog ist frei zugänglich, um sicherzustellen, dass Forscher die genetischen Informationen für ihre zukünftigen Studien nutzen können.
„Zebrafische sind ein unglaublich nützliches Modell für Forscher. Sie sind ideale Kandidaten für die Untersuchung verschiedener Krankheiten und Störungen, weil sie als Embryonen transparent wachsen und ungewöhnliche regenerative Eigenschaften haben. Diese Eigenschaften haben Forschern bereits Einblicke in den menschlichen Zustand gegeben.
„Jetzt, mit unserem neuen Katalog, kommen wir einer vollständig realisierten Karte einen Schritt näher, von der aus sie mit dem menschlichen Genom überlagert werden kann. Diese Art von Aktivität wird es Forschern auf der ganzen Welt ermöglichen, neue Behandlungen, Medikamente und etwas Besseres schnell zu verfolgen Verständnis der Krankheit von Mensch und Tier.“
Carsten Daub, außerordentlicher Professor und Gruppenleiter, Department of Biosciences and Nutrition (KI) und Science for Life Laboratory am Karolinska Institutet, der die Datenintegration leitete, sagte:
„Diese umfangreiche Studie konsolidiert alle einzelnen Datensätze in einem Rahmen, der es Forschern auf der ganzen Welt ermöglicht, Fragen zu beantworten, die durch die einzelnen Studien nicht beantwortet werden konnten.“
Carsten Daub, Multiomischer Atlas mit funktioneller Schichtung und Entwicklungsdynamik von cis-regulatorischen Elementen im Zebrafisch, Naturgenetik (2022). DOI: 10.1038/s41588-022-01089-w. www.nature.com/articles/s41588-022-01089-w