Sie soll um 09:30 GMT vor dem Gericht in der südschwedischen Stadt erscheinen.
Der 20-jährige Aktivist „nahm an einer Demonstration teil, die den Verkehr störte“ und „weigerte sich, den Anweisungen der Polizei zum Verlassen des Geländes Folge zu leisten“, heißt es in der Anklageschrift, die AFP vorliegt.
Ihr droht eine Höchststrafe von sechs Monaten Gefängnis, aber Staatsanwältin Charlotte Ottosen sagte gegenüber AFP, dass solche Anklagen normalerweise mit Geldstrafen geahndet würden.
Die von der Umweltaktivistengruppe „Ta tillbaka framtiden“ (Die Zukunft zurückfordern) organisierte Kundgebung versuchte, die Ein- und Ausfahrt zum Hafen von Malmö zu blockieren, um gegen die Nutzung fossiler Brennstoffe zu protestieren.
„Wir entscheiden uns dafür, keine Zuschauer zu sein und stattdessen die Infrastruktur für fossile Brennstoffe physisch zu stoppen. Wir erobern uns die Zukunft zurück“, sagte Thunberg damals in einem Instagram-Beitrag.
Thunberg erlangte Weltruhm, nachdem sie im Alter von 15 Jahren vor dem schwedischen Parlament in Stockholm ihren „Schulstreik für das Klima“ startete.
Sie und eine kleine Gruppe Jugendlicher gründeten die Fridays-for-Future-Bewegung, die schnell zu einem globalen Phänomen wurde.
Zusätzlich zu ihren Klimastreiks wirft die junge Aktivistin regelmäßig Regierungen und Politikern vor, diese nicht richtig anzugehen Klimaprobleme.
Laut einer vorläufigen Niederschrift, die AFP eingesehen hatte, antwortete Thunberg lediglich mit „kein Kommentar“ auf Fragen der Polizei bezüglich der Kundgebung in Malmö.
Reclaim the Future besteht darauf, dass es trotz des rechtlichen Drucks ungebrochen in seiner Entschlossenheit bleibt, der Industrie für fossile Brennstoffe die Stirn zu bieten.
„Wenn das Gericht beschließt, unser Handeln als Verbrechen zu betrachten, kann es das tun, aber wir wissen, dass wir das Recht auf Leben haben und dass die Industrie für fossile Brennstoffe dem im Weg steht“, sagte Gruppensprecherin Irma Kjellstrom gegenüber AFP.
Sechs Mitglieder der Organisation würden in Malmö vor Gericht erscheinen, sagte sie.
„Wir jungen Menschen werden nicht warten, sondern alles tun, was wir können, um diese Industrie zu stoppen, die unser Leben verbrennt“, erklärte sie die Pläne der Gruppe, den zivilen Ungehorsam fortzusetzen.