Forscher lösen Rätsel um wirbelnde Wirbel in Eizellen

Eizellen sind die größten Einzelzellen auf dem Planeten. Ihre Größe – oft mehrere bis Hundertfache der Größe einer typischen Zelle – ermöglicht es ihnen, zu ganzen Organismen heranzuwachsen, erschwert jedoch auch den Transport von Nährstoffen und anderen Molekülen durch die Zelle. Wissenschaftler wissen seit langem, dass reifende Eizellen, sogenannte Oozyten, innere, spiralförmige Flüssigkeitsströme erzeugen, um Nährstoffe zu transportieren. Wie diese Ströme überhaupt entstehen, ist jedoch ein Rätsel.

Nun hat eine von Computerwissenschaftlern des Flatiron Institute zusammen mit Mitarbeitern der Universitäten Princeton und Northwestern geleitete Forschung ergeben, dass diese Ströme – die wie mikroskopisch kleine Tornados aussehen – organisch aus der Interaktion einiger zellulärer Komponenten entstehen.

Ihre Arbeit, veröffentlicht in Naturphysiknutzte Theorie, fortgeschrittene Computermodelle und Experimente mit Fruchtfliegen-Eizellen, um die Mechanismen der Twister aufzudecken. Die Ergebnisse helfen Wissenschaftlern, grundlegende Fragen zur Eizellenentwicklung und zum Zelltransport besser zu verstehen.

„Unsere Ergebnisse stellen einen großen Sprung auf diesem Gebiet dar“, sagt Co-Autor Michael Shelley, Direktor des Center for Computational Biology (CCB) des Flatiron Institute. „Wir konnten fortschrittliche numerische Techniken aus anderen Forschungsarbeiten anwenden, die wir seit Jahren entwickeln, was uns einen viel besseren Blick auf dieses Problem ermöglicht, als dies jemals zuvor möglich war.“

In einer typischen menschlichen Zelle dauert es nur 10 bis 15 Sekunden, bis ein typisches Proteinmolekül durch Diffusion von einer Seite der Zelle zur anderen wandert; In einer kleinen Bakterienzelle kann dieser Ausflug in nur einer Sekunde stattfinden. Bei den hier untersuchten Eizellen der Fruchtfliege würde die Diffusion allein jedoch einen ganzen Tag dauern – viel zu lange, als dass die Zelle richtig funktionieren könnte. Stattdessen haben diese Eizellen „wirbelnde Strömungen“ entwickelt, die um das Innere der Eizelle kreisen, um Proteine ​​und Nährstoffe schnell zu verteilen, so wie ein Tornado Material viel weiter und schneller aufnehmen und transportieren kann als der Wind allein.

„Nach der Befruchtung wird die Eizelle zum zukünftigen Tier“, sagt der Co-Autor der Studie, Sayantan Dutta, ein Forscher in Princeton und am CCB. „Wenn man den Fluss in der Eizelle zerstört, entwickelt sich der resultierende Embryo nicht.“

Die Forscher verwendeten ein fortschrittliches Open-Source-Biophysik-Softwarepaket namens SkellySim Entwickelt von Forschern des Flatiron Institute.

Mit SkellySim modellierten sie die zellulären Komponenten, die an der Entwicklung der Twister beteiligt waren. Dazu gehören Mikrotubuli – flexible Filamente, die das Innere einer Zelle auskleiden – und molekulare Motoren, bei denen es sich um spezialisierte Proteine ​​handelt, die als zelluläre Arbeitspferde dienen und spezielle Molekülgruppen, sogenannte Nutzlasten, transportieren. Wissenschaftler sind sich nicht ganz sicher, woraus diese Nutzlasten bestehen, aber sie spielen eine Schlüsselrolle bei der Erzeugung der Strömungen.

Die Forscher simulierten die Bewegung Tausender Mikrotubuli, die auf die Kräfte reagierten, die von nutzlasttragenden molekularen Motoren ausgeübt wurden. Durch das Hin- und Herwechseln zwischen Experimenten und ihren Simulationen konnten die Forscher die Struktur der Twister-Ströme und ihre Entstehung aus der Wechselwirkung zwischen Zellflüssigkeit und Mikrotubuli verstehen.

„Unsere theoretische Arbeit ermöglicht es uns, hineinzuzoomen und diese Wirbelstürme tatsächlich in 3D zu messen und zu visualisieren“, sagt Reza Farhadifar, Co-Autor der Studie und CCB-Forscher. „Wir haben gesehen, wie diese Mikrotubuli allein durch Selbstorganisation und ohne äußere Hinweise große Strömungen erzeugen können.“

Die Modelle zeigten, dass sich Mikrotubuli im Inneren der Eizelle unter der Kraft der molekularen Motoren verbiegen. Wenn sich ein Mikrotubulus unter dieser Belastung verbiegt oder verbiegt, kommt es zu einer Bewegung der umgebenden Flüssigkeit, die andere Mikrotubuli neu ausrichten kann.

In einer ausreichend großen Gruppe sich biegender Mikrotubuli biegen sich alle Mikrotubuli in die gleiche Richtung und die Flüssigkeitsströme werden „kooperativ“. Wenn die Mikrotubuli kollektiv gebogen sind, erzeugen die sich bewegenden Nutzlasten einen strudel- oder spiralförmigen Fluss durch das gesamte Ei und helfen so den Molekülen, sich in der Zelle zu verteilen. Mit den Twistern können Moleküle in 20 Minuten statt in 20 Stunden durch die Zelle wandern.

„Das Modell zeigte, dass das System eine unglaubliche Fähigkeit hat, sich selbst zu organisieren, um diesen funktionalen Fluss zu erzeugen“, sagt Shelley. „Und Sie brauchen nur ein paar Zutaten – nur Mikrotubuli, die Geometrie der Zelle und molekulare Motoren, die Nutzlasten transportieren.“

Die neuen Erkenntnisse legen den Grundstein für ein besseres Verständnis der Eizellenentwicklung. Die Ergebnisse könnten auch dazu beitragen, den Materialtransport in anderen Zelltypen zu entmystifizieren.

„Da wir nun wissen, wie diese Twister entstehen, können wir tiefergehende Fragen stellen, etwa wie sie die Moleküle innerhalb der Zelle vermischen?“ Sagt Farhadifar. „Dies eröffnet einen neuen Dialog zwischen Theorie und Experiment.“

Die neue Arbeit bietet einen neuen Blick auf Mikrotubuli, sagt Dutta. Mikrotubuli spielen in fast allen eukaryotischen Organismen wie Pflanzen und Tieren eine zentrale Rolle bei verschiedenen Zelltypen und Zellfunktionen – etwa der Zellteilung. Das mache sie „zu einem sehr wichtigen Teil des Werkzeugkastens einer Zelle“, sagt Dutta.

„Durch ein besseres Verständnis ihrer Mechanismen denke ich, dass unser Modell dazu beitragen wird, die Entwicklung vieler anderer wirklich interessanter Probleme in der zellulären Biophysik voranzutreiben.“