Katalytische Bioteile sind von grundlegender Bedeutung für das Design, den Aufbau und die Optimierung biologischer Systeme für bestimmte Stoffwechselwege. Ein Forschungsteam der Chinesischen Akademie der Wissenschaften (CAS) hat kürzlich ein Register und eine Datenbank für Bioteile für die synthetische Biologie (RDBSB) entwickelt.
Die Forschung ist veröffentlicht im Tagebuch Nukleinsäureforschung.
Diese Datenbank enthält 83.193 katalytische Bioteile mit experimentellen Beweisen und wurde als erste umfassende Ressource für katalytische Bioteile in der synthetischen Biologie konzipiert und entwickelt.
Die funktionalen Charakterisierungsinformationen dieser Bioteile sind häufig über mehrere Datenbanken und Literaturquellen verteilt, was erhebliche Herausforderungen für die effektive Gestaltung und Optimierung spezifischer Chassis- oder Zellfabriken darstellt.
Wissenschaftler des Bio-Med Big Data Center des Shanghai Institute of Nutrition and Health (SINH) des CAS und ihre Mitarbeiter des CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences haben 390.708 katalytische Bioteile aus verschiedenen Datenbankquellen in RDBSB integriert, darunter 83.193 experimentell validiert. Davon enthalten 3.200 experimentell validierte katalytische Bioteile kuratierte Daten zu optimaler Temperatur, optimalem pH-Wert und Chassis.
Die 83.193 im RDBSB enthaltenen katalytischen Bioteile bieten detaillierte qualitative und quantitative katalytische Informationen, einschließlich kritischer Parameter wie Aktivitäten, Substrate, optimaler pH-Wert und optimale Temperatur sowie Chassis-Spezifität.
Die Plattform verfügt über eine interaktive Suchmaschine, Visualisierungstools und Analysetools wie Biopart Finder, Strukturvorhersage und Pathway-Design-Tools. Es fördert das Engagement der Gemeinschaft durch ein katalytisches System zur Einreichung von Bioteilen, um einen schnellen Datenaustausch und eine schnelle Nutzung zu ermöglichen.
„Tatsächlich hat es bisher bereits den Beitrag von mehr als 1.000 katalytischen Bioteilen unterstützt“, sagte Prof. Zhang Guoqing, führender Wissenschaftler und korrespondierender Autor dieser Studie. „Es wird die für die Signalweggestaltung in der synthetischen Biologie verfügbaren Ressourcen erheblich erweitern und als wesentliches Werkzeug für Forscher dienen.“
Weitere Informationen:
Wan Liu et al, RDBSB: eine Datenbank für katalytische Bioteile mit experimentellen Beweisen, Nukleinsäureforschung (2024). DOI: 10.1093/nar/gkae844