Entwicklung einer neuen Farbpalette für die Einzelmolekülbildgebung

Forscher untersuchen Biomoleküle wie Proteine ​​oder Aminosäuren häufig, indem sie chemisch ein „Fluorophor“ anbringen, ein empfindliches Molekül, das Lichtenergie absorbiert und wieder abgibt.

Wenn sie durch einen Laser aktiviert und durch ein Hochleistungsmikroskop abgebildet werden, explodieren diese Fluorophor-Tags oder -Etiketten in einem Regenbogen aus Farben und Informationen. Sie liefern eine Fülle von Erkenntnissen, die beispielsweise dabei helfen können, Krankheiten zu erkennen oder genetische Erkrankungen zu identifizieren.

Um mehr als eine Art von Molekülen gleichzeitig zu erkennen oder „Multiplex“-Messungen durchzuführen, werden zusätzliche Arten von Fluorophoren verwendet, die unterschiedliche Lichtfarben aussenden. Aber es ist überraschend schwierig, verschiedene Farben auf der Ebene einzelner Moleküle zu unterscheiden. Aus diesem Grund betrachten die meisten Mikroskope nur drei bis vier Farben.

Forscher können diese Farbbarriere überwinden, indem sie fortschrittliche Techniken anwenden, die tagelange Beschriftungs- und Bildgebungsrunden erfordern, oder komplizierte Aufbauten mit vielen Lasern verwenden. Eine einfache und schnelle Möglichkeit zu finden, viele Farben zu sehen, ist jedoch nach wie vor eine große Herausforderung.

Forscher der UChicago Pritzker School of Molecular Engineering haben eine neuartige Lösung für diese Herausforderung gefunden, die in beschrieben wird ein Artikel veröffentlicht heute in Natur-Nanotechnologie. Eine vom Squires Lab entwickelte neue Technik verwendet drei einfache chemische Bausteine, um Dutzende von „FRETfluor“-Tags zu konstruieren und so ein schöneres, nuancierteres Farbspektrum zu schaffen, das Forscher zur Markierung von Biomolekülen verwenden können.

„Unser Ansatz ist einfacher. Es ist eine Aufnahme der Markierung, eine Aufnahme der Bildgebung“, sagte Co-Erstautor Jiachong Chu, ein UChicago Pritzker Molecular Engineering Ph.D. Kandidat. „Das bedeutet, dass Sie mit weniger mehr erreichen können. Derzeit ist unsere neuartige Technik die beste auf diesem Gebiet.“

Ein neuer Weg zum Multiplexing

Einzelne Moleküle sind klein und Zellproben vergleichsweise groß, kompliziert und unübersichtlich. Das ultimative Ziel dieses Forschungsbereichs – eines, das das PME-Team in seiner Arbeit näher denn je anstrebt – ist Multiplexing.

„Das Multiplexen von Proben bedeutet, in der gleichen Messung mehr als eine Molekülart messen zu können, also haben Sie vielleicht 10 oder 50 oder Hunderte verschiedener Proteine, die Sie identifizieren möchten“, sagte Allison, Assistenzprofessorin für Molekulartechnik bei Neubauer Family Knappen. „Mit dieser neuen Technik können wir Dutzende erreichen. Ich glaube, wir können das auf Hunderte ausweiten.“

Um diese Herausforderung zu bewältigen, hat das Squires Lab-Team einen innovativen neuen Weg gefunden, eine bewährte Technik zu nutzen: Förster Resonance Energy Transfer oder FRET. FRET ist ein Mechanismus, der beschreibt, wie Energie zwischen lichtempfindlichen Molekülen übertragen wird. Dies ist eine Möglichkeit für Forscher, den Abstand zwischen verschiedenen Teilen eines Moleküls zu messen oder zu melden, wenn zwei Moleküle interagieren. FRET-Signale reagieren außerordentlich empfindlich auf die Eigenschaften der beteiligten Fluorophore, die das UChicago-Team zur Abstimmung ihrer FRETfluor-Markierungen verwendet hat.

„Dieses Projekt nutzt FRET auf eine neue Art und Weise“, sagte Co-Erstautorin Ayesha Ejaz, Ph.D. Kandidat in Chemie. „FRET wird häufig zum Messen von Abständen und zur Beobachtung der Dynamik in Biomolekülen verwendet. Wir haben den Abstand zwischen einem Donor- und einem Akzeptorfarbstoff geändert, um unterschiedliche FRET-Effizienzen und andere Eigenschaften zu erzeugen, die wir zur Identifizierung der verschiedenen Konstrukte verwenden.“

Bei den 27 Tags, die das PME-Team in seiner Forschung verwendete, handelte es sich um 27 „FRETfluors“, die sie mithilfe einer einfachen Kombination aus DNA, einem grünen Cyaninfarbstoff (Cy3) und einem roten Cyaninfarbstoff (Cy5) entworfen hatten. FRETfluore leuchten nicht nur in unterschiedlichen Farben, sondern weisen auch andere einstellbare Eigenschaften auf, beispielsweise den Zeitpunkt, zu dem Photonen emittiert werden, oder die Ausrichtung dieser Photonen.

Zusammen können diese Eigenschaften genutzt werden, um ein FRETfluor in nur einem Bruchteil einer Sekunde und bei extrem niedrigen Konzentrationen zu identifizieren. Ejaz sagte, eine mögliche zukünftige Richtung dieser Forschung bestehe darin, gewöhnliche Fluorophor-Tags schließlich durch diese FRETfluors zu ersetzen.

„Wenn Menschen mehrere Dinge – beispielsweise verschiedene Teile einer Zelle – gleichzeitig betrachten möchten, kennzeichnen sie normalerweise jede Komponente mit einer anderen fluoreszierenden Markierung, die eine bestimmte Lichtfarbe aussendet. Fluoreszenzmarkierungen sind jedoch auf vier oder fünf Farben beschränkt „, sagte Ejaz.

„Wenn stattdessen FRETfluors verwendet werden können, können wir die Anzahl der für die Fluoreszenzmikroskopie verfügbaren ‚Farben‘ erhöhen. Wir testen derzeit, wie gut die FRETfluors in verschiedenen Arten von Experimenten und Umgebungen funktionieren, um uns ein besseres Verständnis aller zu verschaffen.“ die Möglichkeiten.“

„Ich bin gespannt, die FRETfluors in Aktion zu sehen“, sagte sie.

Sensibilität und Einfachheit

Für Squires liegt der Reiz der neuen Multiplex-Technik vor allem in der Kombination aus Sensibilität und Einfachheit.

„Jeder möchte seinen Lieblingstest multiplexen, und es gibt viele bestehende Strategien, die in bestimmten Situationen funktionieren“, sagte sie. „Es gibt Techniken, die gut funktionieren, wenn man viel Zeit hat oder wenn die Probe tot ist und sich nichts bewegt.“

„Wir greifen das Problem dort an, wo man nicht viel Zeit hat. Man möchte wissen, welche Krankheit jemand hat, solange noch Zeit ist, dagegen anzukämpfen, oder man hat nur eine winzige Probe und bekommt nur eine Chance, um sie zu identifizieren.“ jedes Molekül, während es durch Ihren Kanal fließt, können wir FRETfluore in einem Bruchteil einer Sekunde bis hin zu Dutzenden von femtomolaren Konzentrationen identifizieren.

Einfachheit ist der Schlüssel, sowohl durch die Verwendung herkömmlicher Chemikalien zur Herstellung der FRETfluors als auch durch die Entwicklung einer Technik, die nur einen Laser zum Auslesen benötigt.

„Wir markieren das Ziel nur einmal und führen die Auslesung nur einmal durch“, sagte Chu. „In diesem Kontext können wir 27 verschiedene Tags erstellen, die gleichzeitig verwendet werden können.“

Squires beschrieb, wie bestehende Techniken zusammen mit FRETfluors für mehr Multiplexing-Gewinne genutzt werden könnten – „man könnte ausgefallene Laseranregungsschemata einführen oder andere Fluorophore mit leicht unterschiedlichen Eigenschaften integrieren“ –, was die Auslesungen bestehender Etiketten verbessern würde.

Die Anwendung dieser Multiplikatoren auf ihre neue, leistungsfähigere Technik könne, so Squires, Welten für neue Forschung und Anwendungen eröffnen.

„Diese Verbesserungen bei bildgebenden und flussbasierten biomedizinischen Tests werden die nächste Generation von Innovationen ermöglichen“, sagte Squires.