Ein R-Paket für die umfassende Datenanalyse von peptid- und proteinzentrierten Bottom-up-Proteomikdaten

Ein kürzlich Fortschritte in der Bioinformatik Paper des Picotti-Labors (Institut für Molekulare Systembiologie) stellt sein R-Paket für die Datenanalyse von begrenzter Proteolyse in Verbindung mit Massenspektrometrie (LiP-MS) und Bottom-up-Proteomikdaten vor.

Neuartige Bottom-up-Proteomik-Ansätze wie LiP-MS, Phosphoproteomik und andere PTM-zentrierte Experimente erfordern flexible Softwaretools, um die Analyse und Interpretation ihrer großen und oft unterschiedlichen Datenstrukturen zu erleichtern. Vorhandene R-Pakete bieten entweder feste Analyse-Pipelines oder sind nicht für bestimmte Benutzeranforderungen geeignet.

Das Picotti-Lab stellt ein R-Paket „protti“ vor, das benutzerfreundlich und auch für unerfahrene R-Anwender einfach zu implementieren ist. Das R-Paket eignet sich für die Analyse von Peptid- und Protein-zentrierten Daten und kann verschiedene quantitative Datenmatrizen als Eingabe verwenden. Protti kann zur Qualitätskontrolle, statistischen Analyse und Dateninterpretation eingesetzt werden. Während Protti keine grafische Benutzeroberfläche bietet, machen seine Designprinzipien – basierend auf Tidyverse-Paketen – und seine Dokumentation es für unerfahrene Benutzer leicht verständlich und zugänglich.

Aufgrund seines flexiblen Designs unterstützt es die Analyse von labelfreien, datenabhängigen, datenunabhängigen und zielgerichteten Proteomics-Datensätzen. Protti kann auf der Ausgabe jeder Suchmaschine und jedes Softwarepakets ausgeführt werden, die üblicherweise für Bottom-up-Proteomics-Experimente verwendet werden, wie Spectronaut, Skyline, MaxQuant oder Proteome Discoverer, die angemessen in das Tabellenformat exportiert werden. Release-Versionen sind über CRAN verfügbar (https://CRAN.R-project.org/package=protti) und funktionieren auf allen gängigen Betriebssystemen. Die Entwicklungsversion wird auf GitHub gepflegt (https://github.com/jpquast/protti).