Ein Team von Wissenschaftlern des IUF – Leibniz-Forschungsinstitut für Umweltmedizin in Düsseldorf hat einen computergestützten Webserver entwickelt und validiert, der es Wissenschaftlern ermöglicht, Mutationen mithilfe von Nanoporensequenzierung zu genotypisieren. Die Ergebnisse dieser Studie wurden in der Zeitschrift veröffentlicht Nukleinsäureforschung.
Krankheiten genetischer Ursache können untersucht werden, indem die entsprechenden Mutationen in Zelllinien induziert werden, die dann verwendet werden, um menschliche Krankheiten zu modellieren. Das übergeordnete Ziel ist es, zugrunde liegende Mechanismen und Wechselwirkungen mit Umweltfaktoren aufzuklären und idealerweise kurative Strategien zu finden. Ein entscheidender Schritt bei der Generierung gentechnisch veränderter Zellmodelle ist die Verifizierung der eingefügten Mutation. Dazu wird der genetische Informationsträger der Zellen entschlüsselt (Sequenzierung) und mit dem Referenzsatz der genetischen Information gesunder Personen verglichen (Genotypisierung). Um Wissenschaftler beim Vergleich zu unterstützen, stehen verschiedene Arbeitsabläufe und Software zur Verfügung, aber viele von ihnen erfordern teure High-Tier-Sequenzierer oder manuelle Kurationsbemühungen.
Um dieses Problem anzugehen, hat ein Team von Wissenschaftlern des Labors für Genome Engineering und Modellentwicklung am IUF – Leibniz-Forschungsinstitut für Umweltmedizin in Düsseldorf unter der Leitung von Dr. Andrea Rossi ein robustes, vielseitiges und einfach zu bedienendes Computersystem entwickelt Webserver benannt CRISPRnano Dies ermöglicht die Analyse von verrauschten Lesevorgängen, die von erschwinglichen und tragbaren Sequenzern, einschließlich Geräten von Oxford Nanopore Technologies (ONT), erzeugt werden. CRISPRnano ermöglicht eine schnelle und genaue Identifizierung, Quantifizierung und Visualisierung genetisch veränderter Zelllinien; Es ist mit Next Generation Sequencing (NGS) und ONT-Sequenzierungs-Reads kompatibel und kann ohne Internetverbindung verwendet werden.
Thach Nguyen et al, Identification of genome edited cells using CRISPRnano, Nukleinsäureforschung (2022). DOI: 10.1093/nar/gkac440
Bereitgestellt vom Leibniz-Institut für umweltmedizinische Forschung