Die meisten Bakterienarten bleiben in der wissenschaftlichen Forschung unerforscht

Ein biomedizinischer Ingenieur an der University of Michigan hat herausgefunden, dass nur ein Bruchteil aller bekannten Bakterienarten jemals im Mittelpunkt einer wissenschaftlichen Forschungsarbeit und einer nachfolgenden Arbeit stand. In seinem Forschung gepostet auf der bioRxiv Auf dem Preprint-Server beschreibt Paul Jensen, wie er in der PubMed-Datenbank nach Informationen über Bakterienarten suchte und feststellte, dass die meisten Bakterienforschungen nur wenige Arten untersuchen.

In den letzten Jahrzehnten wurde Escherichia coli nicht nur gut untersucht, sondern wurde auch als Instrument zur Untersuchung anderer biologischer Eigenschaften eingesetzt, da es inzwischen so gut verstanden ist. Das Gleiche gilt nicht für andere Bakterien, bemerkt Jensen, oder sogar für andere Mikroorganismen im Allgemeinen.

In der PubMed-Datenbank stellte er fest, dass von 43.409 bekannten Bakterienarten nur 10 etwa die Hälfte aller auf der Website aufgeführten Forschungsarbeiten ausmachten. Er stellte außerdem fest, dass etwa 75 % aller Arten, nach denen er suchte, keine Ergebnisse lieferten – es wurden keine Forschungsarbeiten oder Folgearbeiten zu ihnen veröffentlicht.

Jensen machte seine Erkenntnisse, als er die Möglichkeit untersuchte, ein LLM zur Synthese von Forschungsergebnissen rund um die Untersuchung bestimmter Mikroorganismen zu verwenden. Genauer gesagt hoffte er, mehr über Streptococcus sobrinus zu erfahren – den Mikroorganismus, der für Karies verantwortlich ist. Zu seiner Überraschung fand er nur ein paar Dutzend Papiere – nicht genug, um einen LLM ausreichend auszubilden. Er bemerkte auch, dass er bereits alle vorhandenen Papiere gelesen hatte.

Jensen fand heraus, dass E. coli-Artikel 21 % der Gesamtzahl der bakterienbezogenen Artikel in der Datenbank ausmachten. Er stellt fest, dass PubMed eine gute Möglichkeit bietet, Forschungsbemühungen zu Mikroorganismen zu analysieren, da die untersuchten Arten in Abstracts und/oder Titeln aufgeführt sind. Er weist außerdem darauf hin, dass die auf der Website gefundenen Papierprozentsätze wahrscheinlich denen entsprechen, die in anderen Repositories zu finden wären. Er schlägt vor, dass Mikrobiologen ihre Forschungsperspektive in den kommenden Jahren erweitern müssen, da es noch viel über andere Mikroorganismen zu lernen gibt.

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