Rubiales ist seit Mai 2018 Vorsitzender des Vereins. Seine Amtszeit ist voller Zwischenfälle. So brach er wenige Tage vor der WM 2018 mit Nationaltrainer Julen Lopetegui ab, als sich herausstellte, dass er mit Real Madrid verhandelte.
Auch seine Entscheidung, den spanischen Superpokal in Saudi-Arabien auszurichten, sorgte für Aufsehen, ebenso wie durchgesickerte WhatsApp-Nachrichten, in denen er Sevilla, Villarreal und Valencia als die „schlechtesten Vereine“ der La Liga bezeichnete.