Computermodell erfasst die schwer fassbaren Übergangszustände chemischer Reaktionen

Während einer chemischen Reaktion gewinnen Moleküle Energie, bis sie den sogenannten Übergangszustand erreichen – einen Punkt, an dem es kein Zurück mehr gibt, von dem aus die Reaktion fortgesetzt werden muss. Dieser Zustand ist so flüchtig, dass es nahezu unmöglich ist, ihn experimentell zu beobachten.

Die Strukturen dieser Übergangszustände können mit quantenchemischen Techniken berechnet werden, allerdings ist dieser Prozess äußerst zeitaufwändig. Ein Team von MIT-Forschern hat nun einen alternativen Ansatz entwickelt, der auf maschinellem Lernen basiert und diese Strukturen viel schneller berechnen kann – innerhalb weniger Sekunden.

Ihr neues Modell könnte Chemikern dabei helfen, neue Reaktionen und Katalysatoren zu entwickeln, um nützliche Produkte wie Kraftstoffe oder Medikamente herzustellen, oder um natürlich vorkommende chemische Reaktionen zu modellieren, beispielsweise solche, die möglicherweise zur Entwicklung des Lebens auf der Erde beigetragen haben.

„Das Wissen um die Struktur des Übergangszustands ist wirklich wichtig als Ausgangspunkt für Überlegungen zur Entwicklung von Katalysatoren oder zum Verständnis, wie natürliche Systeme bestimmte Transformationen durchführen“, sagt Heather Kulik, außerordentliche Professorin für Chemie und Chemieingenieurwesen am MIT und leitende Autorin der Studie .

Chenru Duan, Ph.D. ist der Hauptautor eines Artikels, der das Werk beschreibt und heute in erscheint Naturinformatik. Yuanqi Du, Absolvent der Cornell University, und Haojun Jia, Absolvent des MIT, sind ebenfalls Autoren des Artikels.

Flüchtige Übergänge

Damit eine chemische Reaktion stattfinden kann, muss sie einen Übergangszustand durchlaufen, der stattfindet, wenn sie die für den Ablauf der Reaktion erforderliche Energieschwelle erreicht. Die Wahrscheinlichkeit, dass eine chemische Reaktion stattfindet, hängt zum Teil davon ab, wie wahrscheinlich es ist, dass sich der Übergangszustand bildet.

„Der Übergangszustand hilft dabei, die Wahrscheinlichkeit einer chemischen Umwandlung zu bestimmen. Wenn wir viel von etwas haben, das wir nicht wollen, wie zum Beispiel Kohlendioxid, und es in einen nützlichen Brennstoff wie Methanol umwandeln möchten, dann ist der Übergang.“ „Zustand und wie günstig dieser ist, bestimmt, wie wahrscheinlich es ist, dass wir vom Reaktanten zum Produkt gelangen“, sagt Kulik.

Chemiker können Übergangszustände mithilfe einer quantenchemischen Methode berechnen, die als Dichtefunktionaltheorie bekannt ist. Allerdings erfordert diese Methode eine enorme Rechenleistung und die Berechnung nur eines Übergangszustands kann viele Stunden oder sogar Tage dauern.

Kürzlich haben einige Forscher versucht, Modelle des maschinellen Lernens zu nutzen, um Übergangszustandsstrukturen zu entdecken. Bisher entwickelte Modelle erfordern jedoch die Betrachtung zweier Reaktanten als eine Einheit, in der die Reaktanten die gleiche Ausrichtung zueinander beibehalten. Alle anderen möglichen Ausrichtungen müssen als separate Reaktionen modelliert werden, was die Berechnungszeit erhöht.

„Wenn die Reaktandenmoleküle gedreht werden, können sie im Prinzip vor und nach dieser Drehung immer noch dieselbe chemische Reaktion eingehen. Beim traditionellen Ansatz des maschinellen Lernens sieht das Modell diese jedoch als zwei verschiedene Reaktionen. Das macht die Maschine- „Das Lernen ist viel schwieriger und auch weniger genau“, sagt Duan.

Das MIT-Team entwickelte einen neuen Rechenansatz, der es ihnen ermöglichte, zwei Reaktanten in beliebiger Ausrichtung zueinander darzustellen. Dabei wurde ein als Diffusionsmodell bekanntes Modell verwendet, mit dem gelernt werden kann, welche Arten von Prozessen am wahrscheinlichsten ein bestimmtes Ergebnis erzeugen Ergebnis. Als Trainingsdaten für ihr Modell verwendeten die Forscher Strukturen von Reaktanten, Produkten und Übergangszuständen, die mit Methoden der Quantenberechnung berechnet wurden, für 9.000 verschiedene chemische Reaktionen.

„Sobald das Modell die zugrunde liegende Verteilung der Koexistenz dieser drei Strukturen kennt, können wir ihm neue Reaktanten und Produkte geben und es wird versuchen, eine Übergangszustandsstruktur zu erzeugen, die mit diesen Reaktanten und Produkten paart“, sagt Duan.

Die Forscher testeten ihr Modell an etwa 1.000 Reaktionen, die es zuvor noch nicht gesehen hatte, und forderten es auf, 40 mögliche Lösungen für jeden Übergangszustand zu generieren. Anschließend nutzten sie ein „Konfidenzmodell“, um vorherzusagen, welche Zustände am wahrscheinlichsten eintreten würden. Diese Lösungen waren im Vergleich zu mithilfe von Quantentechniken erzeugten Übergangszustandsstrukturen auf 0,08 Angström (ein Hundertmillionstel Zentimeter) genau. Der gesamte Rechenvorgang dauert für jede Reaktion nur wenige Sekunden.

„Sie können sich vorstellen, dass das wirklich darauf hinausläuft, dass man darüber nachdenkt, Tausende von Übergangszuständen in der Zeit zu erzeugen, die man normalerweise mit der herkömmlichen Methode für die Generierung nur einer Handvoll benötigen würde“, sagt Kulik.

Modellierung von Reaktionen

Obwohl die Forscher ihr Modell hauptsächlich auf Reaktionen trainierten, an denen Verbindungen mit einer relativ kleinen Anzahl von Atomen beteiligt waren – bis zu 23 Atome für das gesamte System –, stellten sie fest, dass es auch genaue Vorhersagen für Reaktionen treffen konnte, an denen größere Moleküle beteiligt waren.

„Selbst wenn man sich größere Systeme oder Systeme ansieht, die durch Enzyme katalysiert werden, erhält man eine ziemlich gute Darstellung der unterschiedlichen Arten, wie sich Atome am wahrscheinlichsten neu anordnen“, sagt Kulik.

Die Forscher planen nun, ihr Modell um andere Komponenten wie Katalysatoren zu erweitern, um zu untersuchen, wie stark ein bestimmter Katalysator eine Reaktion beschleunigen würde. Dies könnte für die Entwicklung neuer Verfahren zur Herstellung von Arzneimitteln, Kraftstoffen oder anderen nützlichen Verbindungen nützlich sein, insbesondere wenn die Synthese viele chemische Schritte umfasst.

„Traditionell werden alle diese Berechnungen mit Quantenchemie durchgeführt, und jetzt sind wir in der Lage, den Teil der Quantenchemie durch dieses schnelle generative Modell zu ersetzen“, sagt Duan.

Eine weitere mögliche Anwendung für diese Art von Modell sei die Erforschung der Wechselwirkungen, die zwischen Gasen auf anderen Planeten auftreten könnten, oder die Modellierung einfacher Reaktionen, die während der frühen Entwicklung des Lebens auf der Erde stattgefunden haben könnten, sagen die Forscher.

Diese Geschichte wurde mit freundlicher Genehmigung von MIT News erneut veröffentlicht (web.mit.edu/newsoffice/), eine beliebte Website mit Neuigkeiten über MIT-Forschung, Innovation und Lehre.