Eine neue Studie vergleicht und bewertet acht De-novo-Genomassemblierungs-Softwaretools mit tatsächlichen viralen Next-Generation-Sequenzierungsdaten. Die Studie, die die gesamten Genomsequenzdaten von SARS-CoV-2, dem Virus, das COVID-19 verursacht, enthält, wird in veröffentlicht OMICS: Eine Zeitschrift für integrative Biologie.
Die Genomassemblierung ist einer der entscheidenden Schritte bei der Datenanalyse der Gesamtgenomsequenzierung und dem Verständnis der viralen Genomik. Es wurde eine Vielzahl unterschiedlicher Softwaretools für die Genomassemblierung entwickelt. In der vorliegenden Studie führten die Koautoren Amit Kumar Gupta und Manoj Kumar vom Institute of Microbial Technology, Council of Scientific and Industrial Research und der Academy of Scientific and Innovative Research in Indien eine vergleichende Bewertung und ein Benchmarking von acht viralen Assemblern durch Sequenzierungsdaten der nächsten Generation.
Die Ermittler kamen zu dem Schluss, dass „insgesamt drei Assembler, dh SPAdes, IDBA und ABySS, konstant gute Leistungen erbrachten, einschließlich der Genomassemblierung von SARS-CoV-2“. Sie schlagen auch vor, dass die Verwendung von zwei oder mehr Assemblierungsansätzen in viralen Sequenzierungsstudien der nächsten Generation in Betracht gezogen werden sollte, insbesondere in klinischen Umgebungen.
„Die Genomassemblierung ist für die molekulare Epidemiologie und das klinische Management von COVID-19 und anderen infektiösen Ausbrüchen von entscheidender Bedeutung. Eine vergleichende Bewertung der Genomassemblierungsinstrumente zu Daten viralen Ursprungs fehlte. Die neue Studie schließt diese Wissenslücke und baut auf Sequenzierungsdaten von SARS auf -CoV-2, Dengue-Virus 3, Humanes Immundefizienz-Virus 1, Hepatitis-B-Virus, West-Nil-Virus usw. Dieses Benchmarking ist ein gutes Beispiel für genomische Anwendungen in der planetaren Gesundheit und eröffnet neue Möglichkeiten zur Beschleunigung der Innovation in der klinischen Diagnostik und bei Arzneimitteln und Impfstoffentwicklung. Ich begrüße neue Manuskripte, die sich mit großangelegter Biologie und Multi-Omics-Ökologieforschung befassen, zur Peer-Review in der Zeitschrift“, sagt Vural Özdemir, MD, Ph.D., DABCP, Chefredakteur von OMIK.
Amit Kumar Gupta et al., Benchmarking und Bewertung von acht De-novo-Genom-Assemblern anhand viraler Next-Generation-Sequenzierungsdaten, einschließlich SARS-CoV-2, OMICS: Eine Zeitschrift für integrative Biologie (2022). DOI: 10.1089/omi.2022.0042