Chemiker haben erstmals die Kristallstruktur einer Schlüsselkomponente des Monensin-Enzyms bestimmt und den Mechanismus seiner Reaktionsaktivität aufgeklärt.
„Das wichtigste Ergebnis war die erste Kristallstruktur für diese Familie von Enzymen“, sagte Chu-Young Kim, Professor für Biochemie an der University of Illinois Urbana-Champaign (UIUC), der den experimentellen Teil der Studie leitete. Er und Kollegen lösten die Kristallstruktur von MonCI, einem Schlüsselenzym in Bodenbakterien, das auf natürliche Weise Monensin synthetisiert.
Lela Vukovic, außerordentliche Professorin an der University of Texas in El Paso (UTEP), führte die Computerstudien zur Monensin-Forschung durch. veröffentlicht In Naturkommunikation.
Die Initiative der University of Texas Research Cyberinfrastructure (UTRC) vergab Vukovic-Supercomputerzuteilungen auf dem Lonestar6-System am Texas Advanced Computing Center (TACC), um diese Herausforderungen zu meistern. UTRC bietet Forschern aller 14 UT-System-Institutionen fortschrittliche Computerfunktionen.
Lonestar6 von TACC half dabei, die Reaktionssequenz aufzudecken, die Monensin produziert. Diese Forschung öffnet die Tür für die zukünftige Entwicklung sichererer und wirksamerer Antibiotika.
„Wir haben herausgefunden, dass MonCI zur Durchführung von drei entscheidenden Epoxidierungsreaktionen verwendet wird“, sagte Kim. „Das ist sehr ungewöhnlich und hat Auswirkungen darauf, wie wir das Bakterium so manipulieren können, dass es neue Antibiotika produziert.“
Kim, die kürzlich UTEP verlassen hat, um sich der UIUC anzuschließen, konsultierte Vukovics Labor mit den Strukturergebnissen und voller neuer Fragen. Was er fand, war eine interessante Folgereaktion innerhalb des Enzyms. Allerdings war es experimentell immer noch unmöglich, die Kristallstruktur des Enzyms zu ermitteln, während sich das Substrat im Inneren in seinem aktiven Modus befand.
Damals beschlossen Kim und Vukovic, das Enzym und das Substrat in Simulationen zu modellieren, wenn das Substrat stabil ist. Wenn ein Substrat in einer bestimmten Position stabil ist, kann an dieser Position eine Reaktion stattfinden.
Vukovic und ihre Schülerinnen Tara Nitka und Anju Yadav entwickelten vollständige Modelle des rund 78.000 Atome umfassenden Systems auf der Grundlage der von den Studienexperimentatoren ermittelten Kristallstrukturen.
„Die rechnerischen Herausforderungen ergaben sich aus der Untersuchung mehrerer Systeme, um die Position zu bestimmen, in der Premonensin A und seine epoxidierten Versionen am stabilsten sind und am wahrscheinlichsten eine erste, zweite und dritte Epoxidierungsreaktion durchlaufen“, sagte Vukovic.
„Supercomputer waren sehr nützlich bei der Charakterisierung dieser biologischen Moleküle, die auf natürliche Weise Antibiotika produzieren“, fügte Vukovic hinzu. „Ohne sie wären wir nicht in der Lage, die Computerstudien durchzuführen. Computerstudien helfen uns, diese komplexen sequentiellen Reaktionen zu entdecken und zu verstehen, die für die Gesellschaft wichtig sind.“
Vukovic führte ihre Postdoktorandenforschung an der UIUC unter dem verstorbenen Klaus Schulten durch, dessen Vermächtnis in der von seiner Gruppe entwickelten NAMD-Software weiterlebt und in dieser und unzähligen anderen Studien verwendet wurde.
„UIUC leistet viel Arbeit, um NAMD für den Betrieb auf den Supercomputern des Landes wie Lonertar6 und Stampede2 bei TACC zu optimieren“, sagte sie. „NAMD ermöglichte es uns, in dieses Enzym hineinzuzoomen und zu sehen, welche Reaktionen zuerst, zweitens und drittens ablaufen, um Monensin zu erzeugen.“
„Die Monensin-Biosynthese erfordert mindestens 14 verschiedene Enzyme, darunter MonCI“, fügte Kim hinzu. „Wir müssen auch alle anderen Enzyme untersuchen. In Zukunft erwarten wir, verbesserte Versionen von Monensin zu entwickeln, um Rinder und Geflügel besser zu versorgen. Darüber hinaus ist Monensin für Pferde und Hunde giftig, sodass diese Nutztiere manchmal versehentlich vergiftet werden.“ und getötet. Daher wird ein ungiftiges Monensin benötigt.“
Die Autoren sind Qian Wang, Tara A. Nitka, Anju Yadav und Lela Vukovic von der University of Texas in El Paso; Ning Liu, Hongli Xiao, Hui Yang und Xi Chen von der Northwest University, China; Irimpan I. Mathews vom SLAC National Accelerator Laboratory; und Chu-Young Kim von der University of Illinois Urbana-Champaign.
Mehr Informationen:
Qian Wang et al., Triepoxidbildung durch eine Flavin-abhängige Monooxygenase in der Monensin-Biosynthese, Naturkommunikation (2023). DOI: 10.1038/s41467-023-41889-0