Wissenschaftler des Van Andel Institute haben ein neues Extraktionsprotokoll für RNA-seq und metabolomische Analysen entwickelt, das ein vollständigeres Bild der Zellaktivität bietet als jede Technik allein.
Das Protokoll verwendet eine optimierte Extraktion aus einer einzigen Probe, die Variationen reduziert, die Effizienz verbessert, die Datentreue bewahrt und die Verwendung wertvoller Bioproben maximiert.
„Unsere neue Technik ermöglicht es Forschern, metabolische Phänotypen auf einzigartige Weise zu untersuchen und gleichzeitig die größtmöglichen Informationen aus einzelnen Proben zu gewinnen“, sagte Ryan Sheldon, Ph.D., Direktor des Mass Spectrometry Core von VAI. „Die wichtigste Erkenntnis ist, dass durch die Verwendung unseres neuen, effizienteren Protokolls keine Informationen verloren gehen.“
Bisher mussten Wissenschaftler zwei Probenextraktionen verwenden – eine für RNA-seq und eine für Metabolomik. Dieser Ansatz erfordert mehrere Stichproben oder eine einzelne Stichprobe, die in Unterstichproben unterteilt ist, was die Variation erhöht und eine unbekannte Auswirkung auf die Dateninterpretation hat.
Der aktuelle Arbeitsablauf kann auch Multi-Omics-Ansätze zu einer Herausforderung machen, insbesondere bei seltenen Probentypen; Der Extraktionsprozess zerstört die Probe und schließt eine zusätzliche Analyse aus.
Um das Protokoll zu validieren, verglich das Forschungsteam die Ergebnisse der Standardextraktion mit den Ergebnissen des neuen Ansatzes. Die Ergebnisse zeigten deutlich, dass das neue Protokoll die Datenqualität bewahrte und gleichzeitig Zeit und Ressourcen sparte.
Das neue Protokoll wird in der Zeitschrift veröffentlicht RNA-Biologie. Es wurde von Wissenschaftlern in den VAI-Kerntechnologien und -diensten und der Abteilung für Stoffwechsel- und Ernährungsprogrammierung entwickelt. Core Technologies and Services bietet Wissenschaftlern und Mitarbeitern des Instituts modernste Technologien und Fachwissen.
„Unsere neue Strategie bietet einen wichtigen Proof-of-Concept für zukünftige Bemühungen zur Integration von Additional-Omics-Ansätzen mit dem Ziel, eine einzigartige Extraktionspipeline für RNA-seq, Metabolomik, Proteomik, Transkriptomik und andere zu schaffen“, sagte Sheldon. „Diese Arbeit wäre ohne das außergewöhnliche Kerntechnologie- und Dienstleistungsteam hier am VAI und das Engagement des Instituts für Zusammenarbeit und strenge Wissenschaft nicht möglich gewesen.“
Mehr Informationen:
Zachary B. Madaj et al., Die vorherige Metabolitenextraktion bewahrt die RNAseq-Qualität vollständig und ermöglicht eine integrative Multi-Omics-Analyse der metabolischen Reaktion der Leber auf eine Virusinfektion, RNA-Biologie (2023). DOI: 10.1080/15476286.2023.2204586